از جمله اختلافات هاشمی رفسنجانی با مقام معظم رهبری این بود که وی به مهندسی انتخابات با مشارکت حداقلی اعتقاد داشت و رهبر انقلاب به مشارکت حداکثری اعتقاد قلبی و عملی داشت.